In der Oberstufe der Nils-Holgersson-Schule lernen in den Klassen 6-8 SchülerInnen im Alter zwischen 14 und 16 Jahren. Neben dem regulären Unterricht haben die SchülerInnen auch hier die Möglichkeiten AG´s zu belegen. Schulübergreifend nehmen die SchülerInnen an Wettbewerben und Sportveranstaltungen teil.

In der Oberstufe werden im Sinne einer Demokratiebildung pro Klasse 2 Vertreter für die Gesamtschülervertretung gewählt.

Ein wesentlicher Schwerpunkt im Unterricht in der Oberstufe ist neben der weiteren Vertiefung der Kulturtechniken vor allem die Anbahnung und Förderung der Selbständigkeit der SchülerInnen. Im Unterrichtsfach „Wirtschaft-Arbeit-Technik“ wird vor allem der Umgang in lebenspraktischen Situationen geübt. So planen die SchülerInnen den Klasseneinkauf gemeinsam und gehen anschließend zum Teil selbständig einkaufen. In der schuleigenen Werkstatt üben sie den Umgang mit und die Verarbeitung von Materialien wie Holz und Metall.

Des weiteren wird der Schulalltag durch jahreszeitbezogene und oft fächerübergreifende Projekte bereichert. Hier spielt die Anbahnung und Umsetzung von Freiarbeit bezogen auf Tages bzw. Wochenplan eine wesentliche Rolle. Die SchülerInnen erwerben so Planungskompetenz und werden in die Lage versetzt, auch andere Vorhaben selbständig zu bearbeiten.

Im Sinne einer langfristigen Berufsvorbereitung finden im 9. und 10. Schulbesuchsjahr Orientierungspraktika in Werkstätten und Betrieben statt. Die SchülerInnen können hier erste Erfahrungen sammeln und sich über ihre Interessen und Vorlieben für eine gelingende Lebensplanung klar werden.