1989/1990
Mit Schuljahresbeginn 1989/1990 erhielten per Schulgesetz erstmals Kinder und Jugendliche aus den Fördereinrichtungen des Gesundheitswesens der DDR die Möglichkeit und das Recht auf schulische Bildung und Erziehung. Für 15 Schülerinnen und Schüler im Alter von 6-12 Jahren begann der Erste Unterrichtstag in zwei kleine Räumen eines Kindergartens in der Manetstraße. Aufgrund der besonderen räumlichen Situation konnte man aber hier dem Grundprinzip des Unterrichts einer Schule für Geistigbehinderte, nämlich der lebenspraktischen Erziehung, nicht in vollem Umfang gerecht werden. Ein Umzug in ein anderes Gebäude war demzufolge unumgänglich.

1990
Zu diesem Zeitpunkt gab es aber bereits in der Wartiner Straße ein Wochenheim für Kinder mit einer geistigen Behinderung. Das zweistöckige Gebäude der heutigen Schule Am Falkenberg in der Wartiner Straße in Hohenschönhausen wurde in den 80er Jahren erbaut. Im August 1991 bildeten diese Kinder und Jugendlichen, die Schüler aus der Manester. Und Schüler der Außenklasse der Lernbehindertenschule das neue Schülerpotential. Das Gebäude wurde in den ersten Jahren umgebaut, insbesondere die sanitären Einrichtungen, um dem offenen Ganztagsbetrieb einer Schule für Geistigbehinderte zu entsprechen.

2012
Im Mai 2012 fand die feierliche Grundsteinlegung für den Schulneubau statt. 

2014
Die „Schule am Falkenberg“ (Hohenschönhausen) und die „Kastanienhof-Schule“ (Lichtenberg) wurden im Jahr 2014 fusioniert und von nun an „Nils-Holgersson-Schule“ genannt. Im Jahr 2014 fand der Einzug in das moderne neue Schulgebäude in der Otto-Marquardt-Straße statt. Die beiden Schulstandorte „Schule am Falkenberg“ (Hohenschönhausen) und die „Kastanienhof-Schule“ (Lichtenberg) bekamen einen gemeinsamen Standort.

2016
Im Jahr 2016 wurden die ersten vier Klassen werden im Filialbetrieb in der Carl von Linné Schule untergebracht.

2018
Anfang des Jahres 2018 begannen die Arbeiten am Modularen Ergänzungsbau.

2020
Anfang des Schuljahres 2020/2021 findet der Einzug in den Modularen Ergänzungsbau statt. Die vier Klassen im Filialbetrieb kommen zurück an die Nils-Holgersson-Schule.